Program Pascasarjana (PPs) Universitas Al Hikmah Indonesia merupakan penyelenggara pendidikan tinggi setingkat magister. Program Pascasarjana ini didirikan berdasarkan izin penyelenggara program studi magister Nomor 1446 Tahun 2022 oleh Kementerian Agama RI. Pada izin penyelenggaraan tersebut ada satu program studi yang dibuka, yaitu Prodi Magister Manajamen Pendidikan Islam. Program Pascasarjana (PPs) Universitas Al Hikmah Indonesia berada di Komplek Pondok Pesantren Al Hikmah Binangun Singgahan Tuban Jawa Timur 62361.  Program Pascasarjana (PPs) Universitas Al Hikmah Indonesia merupakan lembaga pendidikan tinggi yang berada di bawah naungan Yayasan Al Hikmah Tuban yang diasuh oleh KH. M. Husnan Dimyati, S.Ag. Program Pascasarjana berada pada satu area dengan penyelenggaraan prodi sarjana. Program Pascasarjana memiliki fasilitas gedung tersendiri dengan dilengkapi ruang perkuliahaan, perpustakaan, masjid dan aula pertemuan. Selain itu disediakan asrama mahasiswa bagai mahasiswa yang jauh dan menetap.

"Menjadi Program Pascasarjana yang Berintegritas dan Profesional dalam Pengembangan Ilmu-ilmu Keislaman Berlandaskan Trilogi Pesantren Al-Hikmah."

1. Menjadi Program Studi Magister yang Berintegritas dan Profesional dalam Pengembangan Ilmu Manajemen Pendidikan Islam, Berlandaskan Trilogi Pesantren Al-Hikmah;
2. Melakukan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat dalam rangka mengembangkan dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni, berlandaskan Trilogi pesntren Al Hikmah;
3. Menjalankan peran sebagai mitra pemerintah, khususnya pemerintah daerah dalam memberikan bantuan konsultasi dan pelatihan dalam berbagai bidang kepada aparat pemerintah dan atau masyarakat secara konstruktif dan produktif.